A partir del año 2017 La Institución Educativa implementa la nueva metodología relacional.
Sobre la innovacion educativa del Sistema Fontán
Los fines del Colegio Fontán ha sido durante muchos anos un laboratorio educativo, un banco de pruebas de pedagogía experimental destinada a forjar las metodologías y herramientas que le dieran el soporte al ideal de la “Revolución Educativa” sonado por su fundador, Ventura Fontán. El trabajo en el Sistema es individual y autodidáctico. El estudiante lo realiza por medio de la consulta e investigació para lograr la excelencia en cada tema fijandose metas que debe cumplir en el estudiante debe aprender y practicar toda una metodología específica del trabajo en los taus, que le ayuda a cumplir su meta en el menor tiempo posible.